L’Autorità di Sistema Portuale del Mare Adriatico Orientale è un ente pubblico non economico, dotato di autonomia amministrativa, di bilancio e finanziaria (art. 6, comma 5 legge 28 gennaio 1994, n. 84, così come modificato dal d.lgs. 4 agosto 2016, n. 169).

L’Autorità di Sistema Portuale, è assoggettata alla vigilanza del Ministro delle Infrastrutture e dei Trasporti e al quale sono sottoposte le delibere relative all’approvazione del bilancio di previsione, delle eventuali note di variazione, del conto consuntivo nonché quelle relative alla determinazione dell’organico della segreteria tecnico-operativa. La vigilanza sulle delibere riguardanti il bilancio, sia preventivo che consuntivo, è esercitata dal Ministro delle Infrastrutture e della Mobilità Sostenibile di concerto con il Ministro dell’Economia e delle Finanze.